西瓜枯萎病也稱西瓜美蔫病，是一種典型的系統性土傳病害，目前國內外尚無根治良方。病菌從根部以及根毛頂端細胞侵入維管束，在導管內發育堵塞導管或引起植株中毒而萎蔫死亡。此病有潛伏侵染現象，幼苗感病多數表現不明顯，到成株開花結果期陸續顯癥，有的感病株終年不顯癥。據調查，發病瓜田一般減產約15％，嚴重的達80％，甚至絕產絕收。特別是重茬栽培，發病更為嚴重。一般情況下，瓜農多以多菌靈、敵克松等殺菌劑防治，但是由于逐年用藥，病菌已產生抗藥性，防治效果較差。根據西瓜枯萎病的發病規律和西瓜種植專業戶的實踐檢驗，綜合運用以下防治措施，即使在多年重茬地，效果仍很好。
    一.農業防治措施
    1.使用充分腐熟的有機肥料。有機肥料提供西瓜生長所需要的多種有效養分，同時改善土壤環境，使西瓜根系健壯發育，提高西瓜的抗逆性。
    2.提倡配方施肥。西瓜苗期也是它的需肥臨界期，在這個時期特別容易產生磷素和鉀素缺乏。不論是苗床還是營養缽育苗，都要保證充分的磷鉀肥供應，以培育壯苗。西瓜是喜鉀作物，不要偏施氮肥，在整個生長期內保證鉀素的充分供應，不僅可以提高西瓜的甜度，而且可以增強植株的抗病力。
    3.選用抗病品種，提倡嫁接，一般砧木可選用南瓜或葫蘆。合理安排茬口，盡量避免重茬種植，西瓜與豆類、禾本科作物輪作效果好。
    二.生物防治措施
    用抗枯寧噴灑、灌根或浸種。噴灑時每20毫升對水15-20于克，苗期至生育中期噴灑2－4次；灌根時用同濃度的稀釋液于苗期及成株期各灌一次；浸種時每20毫升抗枯寧對水15千克，溶液以恰好浸沒種子為宜，浸種8-10小時后撈出清洗一次，晾干后播種。
    三.化學防治措施
    1.用進行防治。山東省蒼山縣1999年4月上旬至5月中旬，保護地西瓜枯萎病嚴重發生，在興明鄉孫于溝村幾個種植戶中試用，防治效果好，具體做法是：在西瓜幼苗和伸蔓期每株用250毫升的500-800倍稀釋液灌根，可使發病率控制在5％以下；在西瓜枯萎病始期，用此溶液灌根，隔5－7天一次，連續2-3次，治愈率可達80％-90％。
    2.用地菌凈灌根和葉面噴施相結合。在發病初期用25%的地菌凈300倍液給病株灌根，每株用藥液1-2千克，同時用50%的Bt400倍液葉面噴灑，這樣施用一次即可控制病情不再發展，7天后減半用量再施用一次，即可保證豐產。